כמה סוגיות בפרק שלישי של מסכת מועד קטן עוסקות בדיני נידוי. הסוגיא שלנו מתמקדת בנידוי תלמידי חכמים העוברים עבירות.
מסופר על תלמיד חכם אחד שהיה עובר איסורים וחכמי דורו לא ידעו כיצד לנהוג בו. מצד אחד הציבור זקוק לרב זה, שהיה תלמיד חכם בעל שיעור קומה. ומצד שני, יש חילול ה' להשאיר רק העובר עבירות בתפקידו. רב יהודה שאל את רבה בר בר חנה האם הוא יודע מה צריך לעשות במצב זה. ענה לו רבה ששמע את רבי יוחנן דורש את הפסוק "כי שפתי כהן ישמרו דעת ותורה יבקשו מפיהו כי מלאך יי צבאות הוא" (מלאכי ב,ז), כך: אם הרב דומה למלאך ה' - יבקשו תורה מפיו, ואם לא - לא יבקשו. ומכאן שאין לבקש תורה מרב שעובר עבירות, ויש לנדותו. רב יהודה אכן נידה את אותו רב. לפני מותו של רב יהודה באו החכמים לבקרו ובא איתם אותו מנודה. כשראה אותו רב יהודה חייך בשמחה. שאלו הרב המנודה: מדוע אתה צוחק ממני? ענה לו רב יהודה, איני צוחק ממך אלא אני שמח שלא התחנפתי בעולם הזה אפילו לאדם גדול וחשוב כמוך. לאחר מותו של רב יהודה בא המנודה לבית המדרש ורצה אותו שיתירו לו את הנידוי. אמרו לו החכמים שאין בבבל אדם חשוב כמו רב יהודה שיכול להתיר לו את הנידוי, ולכן עליו ללכת לארץ ישראל שם יוכל רבי יהודה נשיאה להתיר לו. כשהגיע לארץ ישראל, אמר רבי יהודה נשיאה לרב אמי שיעיין בעניינו ואם צריך להתיר את נידויו יכול להתיר לו בשליחותו. רב אמי עיין בדינו ונטה להתיר את הנידוי. אך עוד לפני שהתירו הגיע רב שמואל בר נחמני ואמר: שפחתו של רבי נידתה אדם וקיימו את הנידוי שלוש שנים, על אחת כמה וכמה שיש לקיים את נידויו של רב יהודה. בעקבות דבריו אכן לא התירו את הנידוי. יצא משם אותו אדם בבכי, ולאחר מכן עקצה אותו צרעה באמתו (באיברו) והוא מת. כשמת רצו לקברו במערת החסידים, ולא קיבלו אותו לשם. לכן קברוהו במערת הדיינים.
מסופר עוד שריש לקיש היה שומר שדה אחת, וראה אדם שנכנס לשם ואוכל תאנים ללא רשות. הרים עליו ריש לקיש את קולו, אך אותו אדם המשיך לאכול. אמר לו רש לקיש שהוא מנודה. ענה לו אותו אדם, להפך אתה תהיה בנידוי. שלמרות שהתחייבתי לך ממון, לא התחייבתי נידוי. וכיוון שנידת אותי שלא כדין, אתה מנודה. בא ריש לקיש לבית המדרש ושאל את החכמים בעניין זה. אמרו לו החכמים, שצדק אותו אדם: הנידוי שלו נידוי ושלך אינו נידוי. שאלם ריש לקיש מה עליו לעשות. ענו לו החכמים שעליו ללכת לאדם זה ולבקש ממנו שיתיר לו את הנידוי, ואם אי אפשר להשיגו עליו ללכת לנשיא הסנהדרין שהוא רשאי להתיר את נידויי לאנשים שאין מי שיתר להם.
בסיום הסוגיא מפרטת הגמרא את נהלי הנידוי של תלמיד חכם שסרח. רב הונא אמר שבתחילה לא מנדים אותו אלא אומרים לו "הכבד ושב בביתך", לכבודך כדאי שתישאר בבית ותעזוב את עיסוקיך הציבוריים. ואם הוא סרח שוב מנדים אותו בפומבי. ריש לקיש חולק על זה וסובר שמנדים אותו בצנעה. באותו עניין מסופר זוטרא חסידא כשהיה צריך לנדות תלמיד חכם היה מנדה גם את עצמו משום כבוד החכם המנודה. רב פפא שיבח את עצמו שלא היה צריך מעולם לנדות תלמיד חכם. ובארץ ישראל העדיפו להלקות חכם ולא לנדותו.