הצנזורה
החל משנת 1512, היו צריכים כל כתבי היהודים לעבור ביקורת של הכנסייה הקתולית. מטרת הביקורת הייתה למנוע הפצת דעות הנוגדות את הנצרות, והפצת כתבים הפוגעים בכבוד הנצרות. לאחר שהתלמוד התגלה כספר בעייתי, הוציאה הכנסייה בשנת 1553 פקודה על שריפת כל התלמוד, ושנתיים לאחר מכן  נשרפו גם סידורי התפילה והמחזורים.  היהודים לא שקטו, וע"י הפצרות ושוחד קיבלו רשות להדפיס את ספרי התלמוד בתיקוני נוסחאות אשר ייעשה על ידי ועד-צנזורה אשר יורכב מארבעה מלומדים נוצרים  ושני יהודים מומרים. התלמוד המצונזר הראשון נדפס בבאזיל בשנות 1580-1578 תחת השגחת הצנזור מארקו מארונוס מבריקס, אשר שינה הרבה את לשון התלמוד, סרס, שיבש, והשמיט את כל מסכת עבודה זרה. כללי הצנזורה של הצנזור מארקו מארונוס היו: בכל מקום שנכתב  "מין" יש למחוק את המילה ולכתוב במקומה  "צדוקי" או "אפיקורס".  במקום "גוי" יש לכתוב "כותי" או כושי". במקום "משומד" יש לכתוב "מומר". במקום "כומר" יש לכתוב "משרת לע"ז" או "כהן לע"ז". במקום "שמד" יש לכתוב "גזרה". בהמשך נכתב ספר הוראות לצנזורים השונים, 'ספר הזקוק'.
להלן קטע  מההוראות לצנזורים: "כל שם גוי גויים, או נכרי נכרים, אם יובן בעניינו שום גנאי וחרפה ודופי בגוי ההוא, ימחק ויכתב במקומו: עכו"ם". בחלק מן המקומות הוסיף הצנזור 'ביאור' לדברי חז"ל כדי שיתאימו לדעתו. לדוגמא: במסכת בבא מציעא דף ק"ז עמוד ב' נאמר:  "מה ביאתך לעולם בלא חטא". על זה הוסיף הצנזור הגהה וזו לשונה: "ר"ל שהאדם בביאתו בעוה"ז עדיין לא חטא בעצמו, ואמנם לפי אמונת הנוצרים הכל נולדים בעוון אדם הראשון, כדאמר קרא ובחטא יחמתני אמי".
בשנת 1848 בוטלה בכל מדינות אירופה החובה למסור ספרים לצנזורה לפני הדפסתם, ובשנת 1905 בוטלה גם ברוסיה. במהלך השנים עם החלשות הצנזורה הודפסו כמה ספרים בהם תיקונים לכל שיבושי הצנזורה בתלמוד. המפורסם שבהם הוא הספר "חסרונות הש"ס"    לצפייה בספר

באופן אבסורדי, כל הגמרות הנפוצות היום בבתי המדרש, מבוססות על צילום או הדפסה מחדש של גמרות הדפוס בוילנא. דפוס זה הדפיס את הגמרות המצונזרות, ללא השמטות הצנזורה וללא תיקון המונחים ששונו. עלנו להבין שהמשמעות של הדבר אינה רק השמטות של סוגיות היסטוריות, אלא שינוי המשמעות ההלכתית של חלקים רבים בתלמוד, לדוגמא כל החלקים העוסקים בדיני גוייםבשאלה האם דינים מסויימים נאמרו על כל גוי, או דווקא על עובדי עבודה זרה (משום שהצנזורה שינתה כל מקום שכתוב בו "גוי לעכו"ם) ההשלכות  הגדולות  להלכה תהיינה: בדיני משא ומתן עם גויים, בדיני יין נסך וסתם יינם, בדיני חלב, פת ובישול של גויים, בשאלת האפשרות לסמוך על גוי ובעוד חלקים רבים בתלמוד ובהלכה. המציאות הבעייתית הזו, שהוכתבה על ידי הנוצרים מונצחת היום על ידי המדפסים, ו'הקדושה' המדומה שמייחסים לצורת הדף כפי שהודפסה בעבר, גורמת לאיבוד הדיוק בחלקים רבים בתלמוד. הגמרות של שטיינזלץ המופיעות בעימוד חדש, מתקנות את העיוות הזועק. גמרות עם גירסה מתוקנת ומדויקת מאפשרים ללומד להבין בדיוק את משמעות הטקסט מהמבט היהודי ולא מהמבט הנוצרי.