הכותים
בדומה לנתינים, קיימת קבוצה נוספת שהתגיירה בצורה קולקטיבית, אך לא צורפה בסופו של דבר לעם ישראל. קבוצה זו היא קבוצת הכותים. לאחר שמלך אשור הגלה את ישראל מערי השמרון הוא הביא לשם גויים מכמה ארצות, רובם מ'כותה' כדי שיישבו את השומרון. התנהגות התושבים הגויים לא נשאה חן בעיני ה' והוא שלח אריות שהיו הורגים אותם. כשראה מלך אשור את המצב הוא הביא אחד מהכהנים הגולים להדריך את הכותים כיצד להתנהג. הכותים קיבלו את דבריו, התגיירו והיו יראי שמים, מצד שני הם לא עזבו לגמרי את אליליהם, כמתואר בספר מלכים.

נחלקו התנאים רבן שמעון בן גמליאל ורבי לגבי הכשרות של גיור הכותים. לדעת רבן שמעון בן גמליאל גיור הכותים היה גיור ראוי ודינם כדין ישראל לכל דבר ('גרי אמת'). לדעת רבי גיורם של הכותים נעשה מתוך פחד מפני האריות והם נשארו גויים ('גרי אריות'). נראה שההלכה בעניין זה כרבן שמעון בן גמליאל.

כאשר גלות יהודה עלתה מבבל והתחילה (בעידוד ובתמיכת השלטון הפרסי) לבנות את בית המקדש השני נוצר קרע בין היהודים לכותים. הקרע נוצר לאור סירובם של היהודים לצרף את הכותים לבניין בית המקדש. הכותים בתגובה ניסו בדרכים שונות למנוע את בניית המקדש. כמתואר בספר עזרא (שם מכונים הכותים 'צרי יהודה ובנימין'). בשלב זה בנו הכותים לעצמם מזבח בהר גריזים. הם לא קיבלו את התורה שבעל פה ואת דברי חז"ל והכירו רק בחמישה חומשי תורה ובספר יהושע. בהמשך הדורות הכותים קילקלו את מעשיהם יותר ויותר עד שבשלב מסוים גזרו עליהם שיהיו כגויים לכל דבר ואסרו להתחתן איתם. 

מקורות:
מלכים ב פרק יז
(כד) ויבא מלך אשור מבבל ומכותה ומעוא ומחמת וספרוים וישב בערי שמרון תחת בני ישראל וירשו את שמרון וישבו בעריה: (כה) ויהי בתחלת שבתם שם לא יראו את ה' וישלח ה' בהם את האריות ויהיו הרגים בהם: (כו) ויאמרו למלך אשור לאמר הגוים אשר הגלית ותושב בערי שמרון לא ידעו את משפט אלהי הארץ וישלח בם את האריות והנם ממיתים אותם כאשר אינם ידעים את משפט אלהי הארץ: (כז) ויצו מלך אשור לאמר הליכו שמה אחד מהכהנים אשר הגליתם משם וילכו וישבו שם וירם את משפט אלהי הארץ: (כח) ויבא אחד מהכהנים אשר הגלו משמרון וישב בבית אל ויהי מורה אתם איך ייראו את ה': (כט) ויהיו עשים גוי גוי אלהיו ויניחו בבית הבמות אשר עשו השמרנים גוי גוי בעריהם אשר הם ישבים שם: (ל) ואנשי בבל עשו את סכות בנות ואנשי כות עשו את נרגל ואנשי חמת עשו את אשימא: (לא) והעוים עשו נבחז ואת תרתק והספרוים שרפים את בניהם באש לאדרמלך וענמלך אלהי ספרוים: (לב) ויהיו יראים את ה' ויעשו להם מקצותם כהני במות ויהיו עשים להם בבית הבמות: (לג) את ה' היו יראים ואת אלהיהם היו עבדים כמשפט הגוים אשר הגלו אתם משם: (לד) עד היום הזה הם עשים כמשפטים הראשנים אינם יראים את ה' ואינם עשים כחקתם וכמשפטם וכתורה וכמצוה אשר צוה ה' את בני יעקב אשר שם שמו ישראל: (לה) ויכרת ה' אתם ברית ויצום לאמר לא תיראו אלהים אחרים ולא תשתחוו להם ולא תעבדום ולא תזבחו להם: (לו) כי אם את ה' אשר העלה אתכם מארץ מצרים בכח גדול ובזרוע נטויה אתו תיראו ולו תשתחוו ולו תזבחו: (לז) ואת החקים ואת המשפטים והתורה והמצוה אשר כתב לכם תשמרון לעשות כל הימים ולא תיראו אלהים אחרים: (לח) והברית אשר כרתי אתכם לא תשכחו ולא תיראו אלהים אחרים: (לט) כי אם את ה' אלהיכם תיראו והוא יציל אתכם מיד כל איביכם: (מ) ולא שמעו כי אם כמשפטם הראשון הם עשים: (מא) ויהיו הגוים האלה יראים את ה' ואת פסיליהם היו עבדים גם בניהם ובני בניהם כאשר עשו אבתם הם עשים עד היום הזה:

עזרא פרק ד
(א) וישמעו צרי יהודה ובנימן (הכותים) כי בני הגולה בונים היכל ליקוק אלהי ישראל: (ב) ויגשו אל זרבבל ואל ראשי האבות ויאמרו להם נבנה עמכם כי ככם נדרוש לאלהיכם ולו אנחנו זבחים מימי אסר חדן מלך אשור המעלה אתנו פה: (ג) ויאמר להם זרבבל וישוע ושאר ראשי האבות לישראל לא לכם ולנו לבנות בית לאלהינו כי אנחנו יחד נבנה ליקוק אלהי ישראל כאשר צונו המלך כורש מלך פרס: (ד) ויהי עם הארץ  (הכותים) מרפים ידי עם יהודה ומבהלים אותם לבנות: (ה) וסכרים עליהם יועצים להפר עצתם כל ימי כורש מלך פרס ועד מלכות דריוש מלך פרס: (ו) ובמלכות אחשורוש בתחלת מלכותו כתבו שטנה על ישבי יהודה וירושלם:

פירוש המשנה לרמב"ם מסכת ברכות פרק ח

וכאן נבאר לך מה הם הכותים. והוא, שהעם שהביא סנחריב מכותה והושיבם בערי שומרון העיד עליהם הכתוב את ה' היו יראים ואת אלקיהם היו עובדים, אלא שארכו להם הימים עד שלמדו את התורה ופירשוה כפשוטה, ומצוה שהחזיקו בה היו מדקדקים בה ומחזיקים בה מאד, והיו מוחזקים שהם מאמיני הדת, מיחדים, ואינם עובדים עבודה זרה, עד שחקרו חכמים אחריהם ומצאום מקדשים את הר גריזים, וכשחקרו על סבת הדבר מצאו להם באותו הר דמות יונה ונודע שהם עובדי עבודה זרה, ואז הורידום במעלת גוים גמורים לכל דבריהם. וכל מה שתמצא במשנה מעניני הכותים שמראה שהם מעולים מן הגוים וגרועים מישראל, כגון אמרם מזמנים עם הכותי, וכותי המברך וזולתם כל זה קודם שבדקו אחריהם. אבל משבדקו אחריהם ומצאו כמו שאמרנו הרי הם גרועים מן הגוים מאד. דע זאת שלא נצטרך לחזור על הכלל הזה בכל מקום שנזכר כותי.


הערך 'כותים' מתוך מדור החיים שטיינזלץ גיטין י,א
כותים: בשם "כותים" מכונים בני אותם עמים (שרק חלקם היו כותים ממש, והיו ביניהם גם בני עמים אחרים) אשר הוגלו לארץ ישראל על ידי מלכי אשור כדי למלא את מקומם של בני ישראל שהוגלו משם. הם התיישבו בשומרון, ומכאן כינויים הנוסף "שומרונים". בספר מלכים ב (פרק יז) מסופר כי בני עמים אלה קיבלו עליהם במקצת את דת ישראל בגלל הפחד מפני האריות שהיו טורפים בהם (ומכאן הביטוי "גרי אריות"), אולם מצד שני הם לא עזבו לגמרי את אליליהם. בתחילת ימי בית שני כאשר עלו עולי בבל מן הגולה נתחדדו היחסים בין היהודים לביןהשומרונים ובעלי בריתם. הללו פעלו בדרכים שונות (על ידי הלשנה, הסתה ואף התערבות צבאית) למנוע את בנין בית המקדש וחומת ירושלים. בתקופה זו היו גם בני משפחות אחדות ביהודה (ואף משפחות הכהנים) שהתחתנו עם השומרונים והתבוללו בתוכם. במשך הדורות הבאים היו זמנים שבהם שררו יחסי איבה עמוקים בין השומרונים והיהודים. יוחנן הורקנוס אף עלה על שומרון והחריב את בית מקדשם של השומרונים בהר גריזים. ואולם היו גם זמנים של שיתוף פעולה מסויים (כגון בזמן מרד בר כוכבא). בין חכמי ישראל היו דעות שונות בדבר מעמדם ההלכתי של השומרונים, לא רקלענין נישואין עימם אלא לכלל היחס אליהם. אולם לבסוף נמנו וגמרו וקבעו כי הכותים נחשבים כגויים לכל הדינים מאחר ומצאו כי הם ממשיכים לעבוד עבודה זרה בדרכים שונות (גם בשל השפעת היוונים והרומאים עליהם). גם במאות השנים האחרונות התעוררו מחדש בעיות אלה, ונשמעו דעותשונות בענין.